Algus
Allika kogudus sai alguse 1904. aastal, kui Tallinna II baptistikogudusest eraldus 45 inimest, kes hakkasid pidama omaette jumalateenistusi. Eraldumise põhjuseks olid erimeelsused koguduse majandusküsimuste lahendamisel. Vormiliselt nad kogudust ei moodustanud, sest kandsid kuni 1911. aastani endistviisi Tallinna II baptistikoguduse nime. Eraldunud pidasid algul koosolekuid Suur-Juhkentali 2 Kontrami sauna kõrvalruumis, õhtusöömaaega aga Tatari 24 II korrusel jutlustaja Eduard Moringu korteris. Alles 1911. aastast nimetab kogudus ennast ametlikult Allika Baptisti Koguduseks. Esimeseks koguduse karjaseks valiti kohe pärast lahkulöömist endine saksa baptisti koguduse jutlustaja Eduard Moring.
Ruumid olid liiga väikesed ning seetõttu panid koguduse liikmed raha kokku ja ostsid krundi Allika 5. Palvemaja ehitamiseks annetas Kristjan Kontram 28. veebruaril 1905. aastal 700 rubla ning 120 rubla eest ehitusliiva ja ahjupotte. Anton Kaarman annetas 100 rubla maksnud vagunitäie lupja, Jaan Tikerpäe 20 ruutsülda paekive, Eduard Moring katusepappi. Paljud teised koguduse liikmed annetasid vastavalt võimalustele raha. 12. juunil 1905. aastal õnnistati uus maja jutlustaja Eduard Moringi organiseerimisel, kes juhtis kogudust 1906. aastani.
1906. aastast töötas koguduse juures pühapäevakool J. Kadastiku juhtimisel, sama aasta septembris lisandus laulukoor. Esimene laul, mida lauldi, oli „Issand vii mind allikale”. Kooril oli mitmeid andekaid juhte nagu J. Aguraijuja, Jaan Tamm ning ta vend Anton Tamm jt. Jaan Tamme eestvedamisel alustas 1919. aastal tegevust ka keelpillikoor. 1931. aastal tähistatud 25. koorijuubeli bukletis nimetatakse keelpillikoori juba orkestriks. Väidetavalt oli just Allika koguduse keelpillikoor baptistikoguduste seas esimene, kus ei puudunud ka kontrabass. Enne I maailmasõda selle koori tegevus vaibus, kuid asutati noortekoor. Koori repertuaari kuulus nii lihtsamat vaimulikku muusikat, kui ka klassikat (näit. Hayden ́i oratoorium „Seitse sõna ristil”). 1935. aastal kanti Estonia kontserdisaalis ette Anton Tamme kantaadid „Johannes Patmosel” ja „Juubeli laul”, milles laulsid Allika ja Kehra koguduste ühiskoor. Sõja ajal sai koorijuhiks usklikukssaanud viiulimängija Ruudi Nõlvak.
1918. aastal alustas tegevust koguduse noorsooselts. Selle tegevuse muusikalisest küljest annavad ülevaate säilinud noorooseltsi aastapäevade ja kontsert- jumalateenistuste kavad. Pärast Eduard Moringut on kogudust teeninud A. Kuusik 1906 – 1910, Eduard Moring teist korda 1910 – 1911, A. Johannson 1911 – 1918, J. Kadastik asetäitjana 1918 – 1920, T. Peipmann 1920 – 1930. 1930. aastal valiti koguduse karjaseks Hiiumaalt pärit ning USAs teoloogilise hariduse omandanud Osvald Tärk, kes teenis kogudust selle liitmiseni Oleviste kogudusega 1950. aastal.
Koostöö Petesda Baptistikogudusega
1922. aastast oli Allika kogudusel tihe koostöö Petesda Baptistikogudusega, kes sai iseseisvaks 1919. aastal, kui Jälgimäe Baptistikogudus lõpetas tegevuse. 23. märtsil 1922. aastal toimus Allika tänava palvemajas kahe koguduse ühiskoosolek. Järgnevatel aastatel oli koostöö sisukas, kuid suurem tagasilöök toimus 1926. aastal, kui Allika kogudusest lahkus usulistel põhjustel 28 liiget, kes moodustasid hiljem nelipühikoguduse. 25. novembril 1932 ühines Allika kogudusega 1922. aastast sama palvemaja kasutanud Petesda kogudus. 1932. aasta lõpus kuulus Allika kogudusse 252, 1934. aastal 302 liiget. Koos osakondadega Järlepas, Paides, Türil ja Kurksis oli kogudusel 1933. aastal 5 pühapäevakooli, kus käis 210 last.
Kogudus Nõukogude ajal
1939. aastal kavandati ehitustegevust Falkpargi 8 krundil, kuhu kavatseti ehitada vana ja amortiseerunud palvela asemele uus. Suve ajal käsid koguduse noored koos pastor Osvald Tärgiga pärast hommikust jumalateenistust seal järelkoosolekut pidamas. Kahjuks kriipsutas nõukogude võim plaani läbi.
1940. aasta juulis ja augustis tuli vabastada Nõukogude sõjaväelastele ka Allika 5 palvemaja ühes eluruumide ja tänavaäärse elumajaga. Sinna paigutati sõjaväeosa ning hiljem kasutati ruume laona. Seejärel peeti koguduse jumalateenistusi Kalju tänava palvelas. Kord jutlustas kohaliku koguduse pastor, Evald Mänd, teinekord Osvald Tärk. Saksa okupatsiooni ajal saadi Allika tänava palvela taas koguduse kasutusse. 1946. aastal palus Osvald Tärk oma kirjas palvemaja denatsionaliseerimist, kuid vastus oli resoluutne: „…hooned on kõik natsionaliseeritud seaduspäraselt”. 1950. aastal kästakse koguduse palvela ruumid vabastada ning selles kohas tegevus lõpetada. Herbert Tammo mäletab, et viimase jumalateenistuse õhkkond oli rusuv. Oldi ju sunnitud maha jätma armsakssaanud jumalakoja.
Ühinemine Oleviste koguduseks
Võimude kavatsuse teine pool puudutas enamuse Tallinna vabakoguduste (baptistid, evangeeliumi kristlased, nelipühilased ja priilased) koondadamist Oleviste kirikusse. Seitsme ühinenud koguduse hulka kuulus ka Allika kogudus. 17. septembril 1950. aastal toimus Oleviste kirikus esimene ühine avajumalateenistus. Sellele olid eelnenud ühendatavate koguduste juhtide terve suvi kestnud läbirääkimised. Avajumalateenistusele sõjast räsitud kirikusse tuli kokku üle 3000 inimese.
Sõjaaeg oli kogudusele raske. Mitmed vennad mobiliseeriti punaarmeesse. Neist osad hukkusid juba merel, mõned jäid Venemaale. 1941. aasta küüditamise ajal viidi ära Leinvall ja Veerus, kaks kogudusse kuulunud inseneri. Tallinna pommitamise ajal 1944. aastal sai üks Allika koguduse liige surma, üks haavata ning üle 22 inimese kodud said tules kannatada. 1944. aasta suure põgenemise ajal seisid ka koguduse juhid Tärk ja Nõlvak valiku ees. Kuid Jumala tahe oli teine.
Rasked ajad aga pigem kasvatasid inimeste usulist innukust. 1948. aastaks oli koguduses 340 liiget. Ka kooritegevus ei katkenud. 1947. aasta 14. detsembril peeti suurejooneline J. S. Bachi muusikaõhtu, kus laulsid koor, kvartett ja soololauljad ning mängis keelpilliorkester.
Siiski tehti kõikvõimalikke takistusi kaudselt. Kasvas bürokraatia, riigi poolt nõuti põhjalikku aruandlust, koguduse juhtivorganitesse kuuluvate inimeste nimekirju jpm. Jutlustada võisid ainult kindlad isikud, kes olid saanud vastava loa koguduse taotlusel. Neid võis olla koguduse kohta kuni seitse. Nii surnuaiapüha pidamiseks kui avalikus kohas ristimiseks tuli taodelda igakordne luba.
Allika taasiseseisvumine
1993. aastal, kui Eesti oli taas saanud iseseisvaks, külastasid Edgar Tamm ja Ülo Meriloo kogudusele kuulunud elamuid ja krunti Adamsoni tänaval. Paraku midagi märkimisväärset seal järel ei olnud. Siiski panid vanad mälestused Allika kogudusse kuulunud inimesed taas ühist osadust otsima. 1993. a. juunis kutsus Edgar Tamm vanu alliklasi mõttevahetusele Nõmme baptistikoguduse ruumidesse (Puuvilja 4). Abilisteks taasloomisel olid paljud, kuid suure töö tegid ära Irene Paldre ja Niine Lintrop. Algatusgrupi poolt korraldati koguduse taastamiskoosolek Oleviste kiriku Maarja kabelis 25. juunil 1994. a. Selleks ajaks oli Allika koguduse liikmeks astumise taotluse teinud 28 inimest. Koguduse juhatuse esimeheks ja pastori kohusetäitjaks valiti Edgar Tamm.
Taasiseseisvunud Tallinna Allika Baptistikoguduse avajumalateenistus peeti Mustamäe tee 33 oleva kaardikeskuse ruumides 30. oktoobril 1994. aastal, kus oli töötanud Edgar Tamm. Sellest teenistusest võttis osa ca 150 inimest.
Katrin Tammo ja Helle Lihti eestvedamisel alustati pühapäevakooli tööga. Jumalateenistustel osales sageli segakoor Anu Kõlari juhatusel. 13. augustil 1995. aastal valiti koguduse pastoriks Helari Puu, kes samal ajal täitis ka Eesti EKB Koguduste Liidu asepresidendi kohuseid. Sel perioodil alustas tegevust koguduse noorte kammerkoor Doris Bärensoni juhtimisel, kelle tööd hiljem jätkas Raili Vahermägi. Lähedased suhted tekkisid ka Kristiine linnaosavalitsusega. Regulaarselt külastas pastor, tihti koos lauljatega, linnaosa päevakeskust. Koguduse noored organiseerisid mitmeid spordiüritusi- ja võistlusi.
Pärast Helari Puu asumist Eesti EKB Koguduste Liidu presidendi kohale, valis kogudus 2000. aastal pastoriks Heldur Kajaste. 2003. aasta suvel kutsuti Helari Puu taas täitma tühjaksjäänud pastori kohta, kes tegi seda kuni 2004. aasta suveni, mil pastoriks valiti seni Kärdlas töötanud Erki Tamm. 2006. aasta kevadel kutsus Tallinna Kalju Baptistikogudus Erki Tamme omale pastoriks. 1. juunist 2006 hakkas pastori kohuseid täitma jälle Helari Puu, kes sai koguduse pastoriks 2007. aasta sügisel ja valiti tagasi kolmel korral. Helari Puu lõpetas pastoritöö 2019. aasta sügisel. 13. septembril 2020 valiti koguduse pastoriks Kaarel Väljamäe, kes teenib kogudust tänaseni.